天然記念物のうち、特に重要なものとして特別に指定されたものを特別天然記念物といいます。
国が指定する場合、文化財保護法第109条2項による。
地質・鉱物
地質・鉱物では、天然記念物221件のうち、20件が特別天然記念物に指定されている。
白骨温泉の噴湯丘と球状石灰石 : 長野県
秋芳洞 : 山口県
玉川温泉の北投石 : 秋田県
根尾谷断層 : 岐阜県
鳴沢熔岩樹型 : 山梨県
大根島の熔岩隧道 : 島根県
鬼首の雌釜および雄釜間歇温泉 : 宮城県
八釜の甌穴群 : 愛媛県
根反の大珪化木 : 岩手県
魚津埋没林 : 富山県
浅間山熔岩樹型 : 群馬県
御岳の鏡岩 : 埼玉県
夏油温泉の石灰華 : 岩手県
根尾谷の菊花石 : 岐阜県
焼走り熔岩流 : 岩手県
湧玉池 : 静岡県
秋吉台 : 山口県